I repubblicani napoletani (poche centinaia di individui in tutto) insomma non erano stati né votati né comunque ben accettati dalle milioni di persone che abitavano il Regno; anzi, furono combattuti ferocemente dalle popolazioni, e la loro forza risiedeva solo nelle armi straniere, senza alcun prestigio o consenso.

Ritratto di Ferdinando IV Antonio Calì (attr.)

Essi erano a tutti gli effetti "traditori della patria" asserviti allo straniero invasore ed erano responsabili di una violentissima guerra civile, anche se la storiografia filorisorgimentale li ha sempre presentati come eroi e "martiri": ma il loro atto, agli occhi del legittimo sovrano, non poteva passare impunito: il buon senso lo dimostra, e possiamo essere certi che altri sovrani - o Capi di Stato - a volte osannati non si sarebbero comportati in maniera molto differente in tali tragici frangenti. Ferdinando e Carolina tornarono sul Trono di Napoli in trionfo e col pieno e completo consenso delle popolazioni che si erano battute spontaneamente per loro. Fino al 1805 regnarono in pace, ma poi la tempesta napoleonica si abbatté nuovamente su di loro. Agli inizi del 1806 l'Imperatore dei Francesi conquistava il Regno di Napoli e poneva sul Trono il fratello Giuseppe. Ancora una volta i Reali e la corte si spostarono a Palermo, ed ancora una volta ricominciò la spontanea guerriglia sanfedista (anche se ora non vi fu più una nuova "Armata Cristiana e Reale"), che durò fino al 1810, ed in Calabria specialmente fino alla Restaurazione.

Nel 1808 Napoleone disponeva da Parigi che Giuseppe doveva andare a Madrid, e poneva sul Trono di Napoli suo cognato Gioacchino Murat, che vi rimarrà fino al 1815, anno della Restaurazione europea. Per altro, il Murat nel 1815, disperato per la definitiva vittoria delle forze restauratrici, tentò il tutto e per tutto sbarcando in Calabria e invitando i contadini all'insurrezione armata contro i Borbone: sarà preso a fucilate dai contadini stessi, arrestato e quindi fucilato.

Gli ultimi anni del suo regno

Con la sconfitta definitiva di Napoleone e il Congresso di Vienna, l'intera Europa si avviava ad una nuova fase della sua storia, quella nota sotto il nome di Restaurazione.
Ferdinando preferì stavolta assumere ufficialmente il titolo di "Re delle Due Sicilie" (divenne quindi "I" come numerazione) e volle attuare una politica di pacificazione nazionale, forse anche troppo generosa. Infatti, non solo lasciò sostanzialmente impuniti i collaboratori del Murat, ma spesso confermò loro le cariche, i ruoli e i privilegi acquisiti sotto il regime napoleonico; e questo specie con gli ufficiali militari, cosa di cui ebbe presto a pentirsi.
A Corte si svolgeva lo scontro fra il Ministro de' Medici, filoliberale e massone, e il Ministro della Polizia Antonio Capece Minotolo, Principe di Canosa, cattolico intransigente, controrivoluzionario e fedelissimo dei Borbone, acerrimo nemico delle sette massoniche e di ogni tendenza rivoluzionaria. Ferdinando però fece prevalere il de' Medici, e ciò comportò nel 1820 un'altra rivoluzione, di stampo costituzionalista, organizzata ed attuata dalla setta massonica della Carboneria.
Ferdinando dapprima accettò di concedere la costituzione; ma i tempi ormai erano cambiati, e ben sapeva che, per il principio di legittimità stabilito al Congresso di Vienna e per i patti della Santa Alleanza, Metternich sarebbe presto intervenuto contro i rivoluzionari. Ed infatti così avvenne. Vi fu un Congresso della Santa Alleanza a Lubiana, in cui si stabilì l'intervento contro Napoli. Il parlamento napoletano inviò proprio Ferdinando a Lubiana per perorare la causa costituzionalista; ma naturalmente Ferdinando giunto lì chiese al Metternich l'intervento contro i rivoluzionari napoletani, che puntualmente avvenne.
Ferdinando poté così restaurare l'assolutismo, e vivere in pace gli ultimissimi anni del suo lungo e travagliato regno.